Ο Βασίλειος Απόλλων Αναγνωστάκης, σύμφωνα με την από 05-03-2012 ιδιόγραφη διαθήκη του, που δημοσιεύτηκε με το αρ. 387/17-10-2013 πρακτικό του Ειρηνοδικείου Χανίων, κατέλειπε στο Πανεπιστήμιο Κρήτης ένα διαμέρισμα στην Αθήνα χωρίς ειδικότερο κοινωφελή σκοπό, ενώ τα βιβλία, οι υπολογιστές και τα χειρόγραφά του όρισε να αποτελέσουν κλειστή συλλογή στο όνομά του στη βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Κρήτης στο Ρέθυμνο.