Η Γενική Συνέλευση είναι το ανώτατο όργανο της ΕΑΔΠ/ΠΚ και έχει δικαίωμα να αποφασίζει για κάθε θέμα που αφορά την Εταιρεία. Οι αρμοδιότητες της Γενικής Συνέλευσης ασκούνται από το Συμβούλιο Διοίκησης του Πανεπιστημίου Κρήτης που συνεδριάζει ειδικά για τον σκοπό αυτό. Η Γενική Συνέλευση είναι η μόνη αρμόδια να ελέγχει τις πράξεις του Διοικητικού Συμβουλίου, την πορεία της υλοποίησης του προγράμματος και των σκοπών της Εταιρείας.